Iglesia fortificada, situada justo enfrente del Palacio de los Reyes de Navarra. Junto con el templo de San Miguel Arcángel son las dos iglesias más importantes de la ciudad. Está edificada en uno de los lados de la montaña dónde se encontraba el castillo de Estella. Se accede a ella por una larga escalinata que parte de la Rúa o calle por dónde discurre el Camino de Santiago. Su situación, bajo el castillo y junto al camino de los peregrinos, hizo que se fortificara, como se puede ver en su robusto campanario, que tiene aspecto de torre de defensa.

Fue consagrada en el año 1174 con el nombre de San Pedro el Grande, si bien las obras no estaban del todo acabadas. Pese a su planta irregular, debido a la adaptación al terreno, tiene tres naves con anchuras diferentes. Cada una de estas naves se acabada en un ábside. Destaca el principal, de transición entre el románico y el gótico, que tiene dos niveles de arcuaciones. En el superior podemos ver ventanas de medio punto formadas por tres arcos en gradación y un par de columnas con capiteles decorados con motivos fitomórficos. En el nivel inferior podemos ver cinco absidiolas que no son visibles desde el exterior. Las aperturas de estas están formadas por arcos apuntados con capiteles decorados y columnas. En el interior de las absidiolas podemos encontrar la imagen de la Virgen de Belén, una talla románica del siglo XII, procedente de la Iglesia del Santo Sepulcro, un Cristo Crucificado gótico del siglo XIV procedente de la iglesia de Santa Maria de Jus del Castillo, una pila bautismal románica y una imagen de San Pedro.

En el ábside de la nave izquierda, conocida como la nave del Evangelio, encontramos el retablo del Crucificado, del siglo XVIII, que alberga la talla del Cristo en Majestad de principios del siglo XII. Esta nave tiene mayor anchura que la de la Epístola, que alberga en su ábside el retablo de San Nicolás, del siglo XVII.

En 1512, al perder Navarra su independencia, las tropas castellanas destruyeron todos los castillos del reino. No fue una excepción el castillo de Estella. Este fue dinamitado y los bloques de piedra cayeron sobre dos alas del claustro y las cubiertas de la nave principal y la de la Epístola, destruyéndolas. Las bóvedas de la nave fueron reconstruidas.

La puerta de acceso al templo, de influencia mudéjar, es polilobulada y tiene muchas similitudes con las de las iglesias de Santiago de Puente la Reina y de San Román de Cirauqui. Fue construida a finales del siglo XII. Tiene ocho arquivoltas apuntadas, ricamente decoradas con motivos geométricos y vegetales. En la parte central podemos ver unas dovelas esculpidas. En la primera, podemos observar un bello crismó. Los capiteles que sustentan las arquivoltas están decorados con motivos vegetales. También están finamente decorados los diez arquillos que forman el arco polilobulado.

Sólo podemos observar dos alas del claustro. Después del derrumbamiento de sus galerías debido a la voladura del castillo, se reconstruyeron estas dos galerías. Están formadas por nuevo arcos de medio punto, sostenidas por por parejas de columnas con capiteles ricamente decorados. Los del lado paralelo a la iglesia están decorados con historias bíblicas como por ejemplo la Pasión y Resurrección de Cristo el Nacimiento de Jesús, la vida de San Lorenzo, de San Andrés y San Pedro. Los capiteles de la otra ala del claustro están decorados con motivos vegetales, geométricos o animales, con una clara influencia oriental.

En el claustro también podemos observar la columna torsa, es decir cuatro columnas inclinadas que se entrelazan. Desde cualquier punto que se mire, el espectador sólo puede ver tres, las cuales representan el Misterio de la Santísima Trinidad.