En el año 1187 Sancho el Sabio creó un barrio al otro lado del río Ega de dónde se encontraba el Palacio de los Reyes de Navarra, el Castillo y la iglesia de San Pedro de la Rúa. Era una zona dónde habitualmente se celebraban mercados. El templo parroquial se empezó a edificar a finales del siglo XII. Varios cambios en el alzado de la planta y otras modificaciones retrasaron la finalización de las obras hasta finales del siglo XIII. En el siglo XIV fue necesario reconstruir las cubiertas al hundirse parcialmente. Se aprovechó este momento para sobrealzar la nave.

El templo tiene tres naves acabadas en un transepto que tiene longitudes diferentes en sus brazos debido al desnivel del terreno.

La cabecera está formada por cinco ábsides, si bien sólo son visibles desde el exterior tres. Los dos situados más a los extremos están excavados en el muro.

Los tres centrales están decorados externamente con unas columnas lisas adosadas con base, pero sin capitel. El ábside principal, de mayores dimensiones, tiene tres ventanas de medio punto formadas por una arquivolta sustentada en un par de columnas. Los dos laterales tienen una única ventana con guardapolvo.

La portalada septentrional es sin duda el elemento más interesante del templo. Se trata de una portalada monumental ricamente decorada.

Cinco arquivoltas de medio punto ricamente decoradas rodean la puerta.

Cada arquivolta está adornada con una talla en cada dovela.

La primera y tercera arquivoltas contienen imágenes de ángeles y profetas. La segunda contiene grupos de dos personajes en cada dovela, mientras que en la cuarta y quinta los grupos son de tres figuras. Todas ellas representan ancianos apocalípticos o escenas del nuevo testamento.

Todas ellas representan ancianos apocalípticos o escenas del Nuevo Testamento.

Bajo las arquivoltas encontramos un tímpano presidido por un pantocrátor que sostiene un crismón en lugar del habitual libro con su mano izquierda. A su alrededor podemos encontrar el tetramorfos y las imágenes de un hombre y una mujer en los extremos.

En los capiteles, que sustentan las arquivoltas, podemos ver narradas imágenes de la infancia de Jesús. Hay dos capiteles, esculpidos por otro maestro, que están decorados con motivos vegetales y de caza.

Protegen la puerta dos metopas esculpidas con bestias feroces, que están devorando a unos hombres, llevándose al infierno a los pecadores que intenten acceder al templo.

A los lados de la puerta podemos encontrar más imágenes, distribuidas en dos niveles. En el nivel inferior izquierdo encontramos la historia de Arcángel San Miguel venciendo al dragón y también disputando con el demonio las almas. En el lado derecho podemos ver representada la resurrección de Cristo, con la imagen del sepulcro vacío y a su alrededor dos ángeles y las tres Marías.

En el registro superior encontramos ocho apóstoles. Su forma, como si se trataran de columnas, el hecho que sólo haya ocho y no doce y que el estilo con que están esculpidos sea diferente a todo el resto de la portalada, hace pensar que fueron reaprovechadas y que originariamente tenían otra ubicación

A cada lado de la puerta, encontramos un par de arcosolios, protegidos por un arco apuntado.

Durante la restauración realizada a finales del siglo XX se añadió un porche metálico, para proteger la portalada de la erosión provocada por las inclemencias del tiempo, que desvirtúa este monumento. Sin duda no ha sido la mejor elección. Se debería haber optado por alguna formula más respetuosa.

A la derecha de la portalada, podemos ver un arco apuntado y la mitad de otro. La columna existente en la unión de los arcos, tiene un capitel decorado con motivos vegetales.

En el lado meridional del templo podemos encontrar otra puerta, pero mucho más sencilla. Está formada por cinco arquivoltas sin decoración y apuntadas. Estas están sustentadas en tres pares de columnas con capiteles decorados sencillamente.

Frente al ábside podemos encontrar una capilla de estilo gótico que se une al cuerpo de la iglesia por un arco apuntado.