Situado a 1527 metros de altitud, en la orilla izquierda de la Valira de Encamp. Las primeras noticias que tenemos de Meritxell datan del año 1176, si bien no tenemos ningún documento antiguo que hable de la iglesia.  Según el filólogo Joan Coromines el nombre de Meritxell proviene de merig , del latino meridiem, es decir mediodía, que es un término utilizado por los pastores para denominar una zona de pasto donde da el sol.

El templo románico era muy sencillo y fue totalmente reformado en el siglo XVII. Este es el templo que llegó sin más alteraciones hasta el año 1972. La noche del del 8 al 9 de septiembre, pocas horas más tarde de haber celebrado la festividad de la Virgen de Meritxell, se declaró un incendio que destruyó totalmente el santuario, quedando sólo en pie parte de sus muros laterales. Esto permitió poner al descubierto parte de los antiguos muros románicos.

Ricard Bofill fue el encargado de construir un nuevo santuario. En 1994 se decidió reconstruir el antiguo templo barroco.

Desgraciadamente durante el incendio también se quemó la imagen de la Virgen de Meritxell. Era una talla del siglo XII, si bien algunos estudiosos la han catalogado como una imagen del siglo IX o incluso del siglo VIII por su rusticidad y sencillez. La Virgen estaba sentada y tenía al Niño a su regazo, un niño que se muestra ya bastante crecido. Como sucede en otras imágenes andorranas, en Niño no tiene corona y en cambio si que tiene la Virgen. Al construir el nuevo santuario, se hizo una nueva imagen, que recuerda a la original románica.

Se conservan tres réplicas fieles de la imagen romànica: una en la iglesia de Sant Esteve de Andorra la Vella, otra en la Clínica Meritxell y una tercera fue regalada por el Consell General al obispo de la Seu d'Urgell Ramón Iglesias el año 1968 para celebrar los veinticinco años como co-príncipe de Andorra.

El 24 de Octubre de 1873 el Consell General declaró oficialmente patrona y especial protectora del Principat d'Andorra a la Virgen de Meritxell.