La iglesia de San Pedro es la más grande de las tres que forman el conjunto.

Presenta un ábside trilobular y una planta rectangular, si bien las transformaciones que el templo ha sufrido a lo largo de los años ha hecho variar esta distribución.

La parte más antigua del templo es la cabecera, construida antes del siglo X y rematada por una cúpula semiesférica de perfil bajo.

A finales del siglo X e inicios del XI, se reestructuró tapando el lóbulo central del ábside para colocar un retablo de piedra. Este se descubrió el año 1895 cuando se retiró un muro de piedra que servía de apoyo al retablo barroco. Está totalmente decorado con pinturas murales y lo forman dos hileras de arcos ciegos sostenidos por columnas y capiteles muy sencillos.

Dentro de los arcos podemos ver a Cristo y a San Pedro, en el piso superior, y a los cuatro evangelistas, representados por sus símbolos, en el piso inferior. Entre los arcos podemos ver ángeles y serafines. Por debajo de estas dos hileras de arcos se pueden observar restos de una escena decorada, pero en muy mal estado y mutilada por una puerta que se construyó posteriormente. La estructura de este retablo, del siglo XI, es única en Cataluña. No se conocen elementos similares.

En el presbiterio también se puede observar otro elemento muy interesante. Se trata de su pavimento, formado por un mosaico del siglo X, pero de tradición romana. Está compuesto por motivos geométricos y florales. Debajo todavía se conserva un pavimento previo en forma de opus signinum.

Durante la reforma del siglo XI también se reedificó el transepto, más elevado y de planta rectangular,  cubierto con una bóveda de cañón perpendicular a la de la nave.

Las últimas intervenciones arqueológicas han permitido descubrir la planta original del templo. Tenía tres naves, que acababan en un transepto dónde se abrían tres ábsides, de los que sólo se ha conservado el central.

La nave actual corresponde a la tercera etapa de construcción del templo, ya en el siglo XII. Este hecho hace que las dimensiones de la nave sean muy desproporcionadas respecto al transepto.

La unión entre los dos  elementos se realiza a través de dos arcos, ligeramente apuntados, entre los que se pueden  ver restos de la antigua nave.

La bóveda de la nave es de cañón, pero ligeramente apuntada y que arranca de unas sencillas molduras, situadas en los muros laterales.

También podemos datar en este siglo la espadaña que había en el muro oeste, pese a que el actual fue levantado posteriormente.

Sobre el lado sur del transepto, se levanta otro espadaña de construcción moderna.

En el muro sur se encuentra la puerta de acceso al templo.

Está formada por cuatro arquivoltas lisas de medio punto, protegidas por un sencillo guardapolvo.

Flanqueando la puerta hay dos grandes ventanas de medio punto. Las dos están reseguidas por un guardapolvo.

También podemos observar la cornisa del tejado sustentado por canecillos decorados con elementos vegetales, animales o cabezas humanas.

En el muro norte todavía se pueden ver unas pinturas murales, muy deterioradas, del siglo XIV.

Estas representan escenas de la Pasión de Cristo y de la vida de apóstoles y santos.

En el interior del templo se conservan varios retablos góticos, entre los que destaca el que está dedicado a los santos Abdón y Senén, representados en la tabla central, obra de Jaume Huguet. Los dos santos eran príncipes de Persia y fueron ejecutados en Roma. Por motivos que se desconocen sus reliquias se trasladaron hasta Arlés, en el Vallespir. Muy pronto se extendió su veneración por toda Cataluña, convirtiéndose en los patrones del campesinado. Alrededor de la imagen central encontramos cuatro escenas de la vida de los dos santos y un calvario. En la predela encontramos a los santos médicos Cosme y Damián y dos escenas de sus vidas.