La construcción del templo se empezó a finales del siglo XII por la nave. Esta está acabada en un ábside semicircular del que destacan sus ventanas abocinadas y ligeramente apuntadas. Exteriormente se encuentra dividido en cinco espacios mediante cuatro columnas cilíndricas. También podemos encontrar dos líneas de imposta, una por debajo las ventanas y la otra a la altura del arranque de sus arcos.

La nave está cubierta con bóveda de crucería dividida en tres tramos, separados por arcos fajones apuntados. Tanto los nervios de la bóveda como los arcos fajones descansan en columnas adosadas con capiteles esculpidos. El presbiterio está cubierto con  bóveda de cañón ligeramente apuntada, mientras que al ábside encontramos una bóveda de cuarto de esfera.

El altar es todavía el original. Está decorado con unos arquillos sustentados por columnas.

A los pies de la nave se edificó la torre campanario, que durante siglos ha sido la sede del Archivo del Orden de San Juan de Jerusalén en Castilla y León.  En los pisos superiores se alojan las campanas detrás de dos ventanales apuntados. La torre se construyó frente a la portalada que había en los pies de la nave y por este motivo se realizó un pórtico en su base para no cegar el acceso al templo. Esta puerta imita a la del lado oeste de Santiago del Burgo, que a su vez se había inspirado en la Puerta del Obispo de la Catedral. Está formada por tres arquivoltas, una de las cuales es plana, el otro está decorada con botones florales y el otro con motivos de zig-zag. Los capiteles están esculpidos con motivos vegetales.

Una vez finalizadas las obras de la torre, se decidió construir una segunda nave en el lado derecho del templo. Está dividida en tres partes. La primera, empezando por la cabecera, es utilizada como sacristía. Está cubierta con bóveda de cañón apuntada. La segunda parte estaba dedicada a la puerta de entrada del muro sur. La puerta original se mantuvo en su sitio y se construyó una nueva a su misma altura pero en el nuevo muro. La tercera capilla tiene funciones funerarias y está cubierta por una bóveda de estilo flamígero.

Adosado al muro norte estaba el hoy desaparecido claustro del monasterio, del que todavía se puede ver la puerta de acceso, ahora cegada. Junto a la torre todavía se puede ver una capilla y la sala capitular construidas en el periodo del renacimiento. Actualmente son parte del restaurante del hotel, que se construyó sobre los terrenos que ocupaba el monasterio.