El lugar de Besians aparece citado en un documento de principios del siglo X, cuando el presbítero Malanogeco donó a Santa María de Obarra una viña que tenía en este lugar. No será hasta el año 1018 que encontramos una referencia a este templo, cuando Daniel, presbítero de Besians, da testimonio de las restauraciones que se han realizado en las iglesias de Montenigro.

Inicialmente estaba dentro del término de Santa Llestra, hasta que a finales del siglo XI, el rey Pedro I de Aragón y de Ribagorza infeudó la villa de Besians al conde Ramon de Pallars Jussà. Esto conllevó la segregación de Besians de Santa Llestra.

Pocos años más tarde, en 1102, el monarca donó todos los bienes que tenía en Besians a San Vicente de Roda, como ofrenda para que los monjes intercedieran en la curación de su hijo Pedro. También dotó al templo de San Juan con numerosos beneficios. Poco antes de su muerte, Alfonso I de Aragón donó el templo también a la iglesia de Roda, con todos sus derechos. Esta cesión fue confirmada por Ramiro II el Monje en 1136.

El templo se encuentra en una elevación del terreno, sobre el río Ésera, donde se situaba antiguamente la población de Besians. Con el paso de los siglos y el alejamiento de las fronteras, como muchos otros pueblos, sus habitantes fueron abandonando las posiciones estratégicas y elevadas, para instalarse en el valle, mucho más fértil y habitable. La iglesia sobrevive entre los restos de las antiguas viviendas, algunas de las cuales comienzan a rehabilitarse como segundas residencias.

Desgraciadamente este traslado de la población, ha llevado a que el templo quedara abandonado y un estado de ruina preocupante. Durante el año 2002 se realizaron unas tímidas obras de consolidación del templo, que se han mostrado insuficientes. Sólo se consolidaron el ábside y la bóveda de la nave románica, pero no se hizo ninguna actuación importante en la torre, que queda sin consolidar y amenaza con desplomarse sobre la nave del templo.

También una importante humedad está dañando la unión entre la nave y la torre, debilitando aún más su estabilidad. También ya ha comenzado a crear daños irreparables, como la pérdida de parte de una cruz de consagración pintada en el lado derecho del presbiterio.

La iglesia tiene una sola nave, cubierta con una bóveda de cañón y rematada al este por un ábside semicircular, precedido de un amplio presbiterio.

Sorprende que la bóveda presbiteral se mantengan en pie, a juzgar por la deformidad que tiene, provocada por el peso del campanario, adosado al muro sur. Esperamos que las humedades o el derrumbamiento de la torre no terminen con esta bóveda, que tantos siglos ha superado. Alentamos a las administraciones que pongan manos a la obra antes de que sea demasiado tarde ...

Si miramos el ábside desde el exterior veremos una gran ventana de medio punto y doble derrame. En un nivel inferior encontramos dos aperturas más, que nos revelan la existencia de una cripta bajo la cabecera.

En el siglo XVI se modificó el templo, añadiendo un cuerpo más hacia poniente. Curiosamente, este tramo es el que peor ha resistido el paso de los años, pues se ha derrumbado su cubierta.

También se construyó una nueva puerta de acceso en este sector, sustituyendo el original románica, situada en el muro sur y actualmente cegada. Esta era de medio punto adovelada.

El templo tiene dos puertas más en el muro norte, situadas a diferentes alturas.

La superior, actualmente incomprensible, seguramente comunicaba con dependencias del castillo, que estaría adosado al templo. También nos hace suponer la existencia de alguna estructura, hoy desaparecida. Esta puerta tiene un dintel y modillones por la cara exterior.

La otra puerta es de medio punto en la nave y con dintel y modillones en el exterior.

Junto a esta puerta encontramos otra, que mediante unas escaleras situadas en el interior del muro, nos conducen hacia la cripta.

La cripta ocupa el espacio del ábside y del presbiterio. Dos ventanas iluminan su espacio, abriendo su arco directamente en la bóveda.

Esta bóveda es de perfil bajo y está ennegrecida por los fuegos que seguro se hicieron en este espacio durante su abandono. También presenta un gran agujero en la parte más occidental, debilitando su estructura.

Volviendo a la iglesia, la cabecera presenta una serie de particularidades que hay que remarcar. A la derecha del ábside encontramos una pequeña estancia, a modo de brazo norte de transepto. Se trata de la parte baja de la torre, que está cubierta con una bóveda de cañón y con un ábside semicircular excavado en el muro este.

En el lado norte del presbiterio encontramos otro ábside semicircular, también excavado en el interior del muro y orientado a tramontana.