El temple de Sant Esteve es va iniciar al segle XI per la zona de la cripta i del pas subterrani. Són les parts més antigues i per tant allà on el romànic presenta unes traces més arcaiques.

S'accedeix a la cripta per una escala de cargol que hi ha en el costat dret del temple o bé a través d'una portalada que hi ha en el pas subterrani. Aquesta està formada per quatre arquivoltes de mig punt. La primera i tercera es recolzen dos parells de columnes amb els capitells esculpits de manera molt tosca, seguint la línia dels que podem trobar en tota la galeria subterrània.

La galeria, que té gairebé vint metres de longitud, està dividida en cinc trams recoberts amb volta d'aresta i separats per gruixuts arcs torals de mig punt, que es recolzen en uns bancs adossats que recorren tot el túnel. Els arcs es recolzen en pilastres i columnes. En la primera peça cilíndrica sembla emular-se la figura d'un capitell en el que hi ha esculpides figures molt senzilles.

En els murs laterals podem observar algunes creus funeràries. Sobre una d'elles hi podem veure esculpida, amb cal·ligrafia típica del segle XI, la paraula STEFANIA, nom de la reina Navarra que va promoure la construcció del temple. Això ha disparat nombroses hipòtesis, fins i tot la que podria estar enterrada en aquest indret.

La cripta està formada per tres absis semicirculars amb volta de quart d'esfera que estan situats just a sota dels de l'església principal. Això fa que exteriorment el conjunt tingui una gran alçada, ja que no hi ha cap separació entre els dos nivells. Precedeixen als tres absis uns arcs triomfals formats per un doble arc sustentat en pilastres.

L'interior dels absis esquerre i central està decorat amb pintures del segle XIV i d'estil gòtic. En l'absis esquerre podem precisar encara més la seva data de creació gràcies a una inscripció que hi ha sobre la finestra en que podem veure la data de 1378. Per sobre de la inscripció hi podem veure una creu de consagració i una imatge de l'Agnus Dei. En el centre de la volta hi ha un Pantocràtor envoltat del Tetramorf. També s'hi poden trobar en aquest absis escuts heràldics i la imatge de Sant Gil, així com diferents escenes de la vida de Jesús.

La volta de l'absis central està dividida en dos parts ben diferenciades. A la més superior podem veure l'escena de la Coronació de Maria. En el pis inferior, emmarcades per uns arcs podem trobar diferents imatges de la vida de la Verge com són l'Anunciació, el Naixement de Jesús, l'Epifania, la resurrecció de Crist, la pujada al Regne dels Cels o l'arribada de l'Esperit Sant. Per sota d'aquestes imatges, ja en cos cilíndric de l'absis podem trobar representades altres escenes bíbliques i lluites entre cavallers.

L'arc que dóna pas a l'absis està decorat interiorment amb personatges bíblics. El tram recte del presbiteri té una decoració força curiosa formant una mena de tauler d'escacs però de colors vermell i blanc. En el mur del costat esquerre s'ha representat l'escena de la crucifixió, mentre que en el del costat dret hi ha l'escena de la Verge adormida.

En aquest absis es venera la imatge de la Verge del Perdó, una talla del segle XIII. Està col·locada damunt d'un altar decorat amb pintures que ens parlen de la vida i el martiri de Sant Pere. Originàriament aquest altar es trobava en l'absis dret . En l'absis esquerre s'hi podia venerar la imatge d'un Crist Crucificat, conegut com el Crist del Perdó, del segle XIII. Actualment aquesta talla està instal·lada en l'església superior.

Per últim destacarem els dos capitells finament tallats pel Mestre Esteve, autor de les imatges de la Catedral de Santiago de Compostela o de la portalada de Sant Salvador de Leyre. Es tracta de dos capitells d'una finesa excepcional. En un hi ha esculpides dues dones ajupides estirant-se els cabells i lamentant-se. La decoració de tipus oriental de les túniques de les dones ha fet disparar nombroses especulacions al voltant de la possible inspiració musulmana. Llàstima que no es pugui observar amb claredat en la fotografia aquesta obra d'art. Un cop més hem d'agrair-lo al capellà del temple que no em va permetre repetir-la; havia superat la "mitja dotzena". L'altre capitell ens representa dos preciosos ocells amb el coll enredat picotejant-se les potes.

La iconografia expressada en aquests capitells la trobem repetida en altres indrets on va treballar el Mestre Esteve, però sens dubte és en aquesta cripta on la tall és més espectacular, en part gràcies a la pedra calcària utilitzada.