El temple de Sant Esteve es va iniciar al segle XI per la zona de la cripta i del pas subterrani. Són les parts més antigues i per tant allà on el romànic presenta unes traces més arcaiques. Un segle més tard es va iniciar la resta del temple, que es va acabar en època gòtica i que posteriorment va rebre algunes ampliacions, que han deixat oculta la fàbrica romànica. 

El temple està format per tres naus acabades en absis semicirculars. Aquests es troben just al damunt de la Cripta del Perdó. Això fa que exteriorment  s'observin tres allargats absis reforçats per gruixuts contraforts, que s'aprimen una mica en el tram corresponent a l'església superior. També s'aprima lleugerament el diàmetre dels absis.

A l'exterior, als peus de l'absis, podem trobar una petita tomba antropomòrfica excavada a la roca. Per les seves dimensions és probable que correspongui a l'enterrament d'un nen.

En la part corresponent a l'església superior s'obren els finestrals que il·luminen el presbiteri. Hi ha una finestra en cadascun dels absis laterals i tres en el principal. Aquestes estan decorades amb una arquivolta decorada, que es recolza en un parell de columnes amb els capitells decorats amb motius historiats. Emmarquen els finestrals dues motllures decorades la inferior amb tauler d'escacs i la superior amb d'altres motius geomètrics.

Les teulades reposen en una cornisa sustentada per mènsules decorades. 

Per la part interior estan decorats amb uns arcs cecs de mig punt. Els arcs de l'absis central estan recolzats en dobles columnes amb capitells decorats, mentre que en els laterals les columnes són simples. Aquestes es recolzen en una imposta decorada.  Davant l'absis principal hi ha un tram de presbiteri cobert amb volta de canó. L'arc toral d'aquesta zona està recolzat en columnes adossades amb capitells historiats. 

Les tres naus estan cobertes amb volta d'aresta. El transepte, en canvi, té volta de canó lleugerament apuntada. En el creuer tornem a trobar volta d'aresta amb els nervis molt marcats. 

Sota el cor construït als peus de la nau central, trobem una capella on es pot venerar el Crist del Perdó. Es tracta d'una talla romànica del segle XIII que originàriament estava en l'absidiola esquerra de la cripta.  

Un altre element interessant conservat en aquest temple és la pila baptismal visigòtica de vuit pètals. En ella va ser batejat Ferran el Catòlic el 11 de febrer de 1453.

La portalada, molt erosionada,  està protegida per un pòrtic del segle XVI cobert amb volta estrellada.

Destaquen les estàtues-columna, a les de l'estil de la propera Santa Maria de Sanguesa. N'hi ha tres a cada banda de la porta. Estan representats de dreta a esquerra Sant Pelai, la reina Estefania, el Rei David, una imatge per identificar que podria ser Sant Vicenç o Sant Llorenç, un altre personatge amb mitra i Sant Joan Evangelista. Entre columnes hi ha tres figures sobreposades. En una d'elles podem veure a Sant Jordi i el drac.

La porta està envoltada per tres arquivoltes decorades amb escenes bíbliques i mitològiques. Aquestes es recolzen en capitells amb decoració vegetal. Al centre hi trobem un timpà on hi ha un Pantocràtor amb mandorla, envoltat pel tetramorf, dos àngels i una figura orant. 

Escampades per la façana podem veure altres grups escultòrics difícils d'identificar degut a l'erosió. Amb prou feines es poden observar alguns guerrers , la visitació i l'Anunciació.

Lamento molt no poder oferir més imatges de l'interior del temple i de la cripta. Tampoc la qualitat de les mateixes és la desitjada. Això ho hem d'agrair al capellà que té cura del temple. Malgrat tenir una autorització de la Diòcesis de Jaca per fotografiar l'interior dels seus temples romànics, es va negar a deixar-me agafar imatges o a concretar un dia i hora per poder-ho fer. La meva cara de sorpresa en veure com un capellà trencava el seu vot d'obediència segurament no es pot descriure amb paraules. Com pot negar-se un capella a complir una ordre que li dóna el seu bisbe? Aquest senyor, per anomenar-lo d'alguna manera, ho va fer. Suposo que després aniria a confessar-se... Finalment va accedir a que fes mitja dotzena de fotos. En un temple ple d'elements interessants, sis fotos no donen per a res... No vaig poder aconseguir res més. 

No content amb limitar la meva tasca, es va dedicar a perseguir-me i intimidar-me durant tota la visita. Segurament es volia assegurar que no fes més de sis instantànies. Jo, al contrari que ell, si que tinc honor i paraula... Tal i com havíem quedat, aquest estiu només vaig fer-ne "una media docena", set concretament. El problema es que ni tan sols vaig poder comprovar-les i repetir-les si havien sortit malament. El seu ajudant va fer el mateix amb l'amic que m'acompanyava en la visita. Va ser lamentable i més tenint en compte que aquestes dues persones són religioses. L'estranya situació, malgrat tot, no és casual. L'estiu passat també vaig visitar aquest temple. En aquella ocasió com a simple turista. Tots els visitants vam tenir la mateixa sensació d'intimidació per part d'aquestes dues persones. Pensava que aquest any, amb l'autorització de la Diòcesis seria diferent. Em vaig equivocar, va ser pitjor. Gràcies mossèn per privar-nos a tots de gaudir del temple que vostè amb tanta dedicació custodia...