Com els altres temples de la zona, apareix citat en la presumpta acta de consagració de la catedral de la Seu d'Urgell del 819. No està clara l'autenticitat d'aquest document, pel que no es té la certesa que ja existís un temple en el segle IX.   

Si que sabem que el lloc d'Isil era propietat del comte Ramon IV del Pallars Jussà l'any 1064, quan el va cedir al seu cosí Artau I del Pallars Sobirà, amb el que van tenir constants enfrontaments. Probablement fruit d'aquests enfrontaments, la cessió no es va fer definitiva fins l'any 1094 aproximadament.

L'església de Sant Joan estava integrada dins dels deganat de la Vall d'Àneu, on disposava d'un estatus especial doncs, a banda de ser la parròquia d'Isil, era un priorat de l'ordre de Sant Joan de Jerusalem.

El temple té la particularitat de tenir la capçalera just a tocar de la llera de la Noguera Pallaresa. Els fonaments dels tres absis semicirculars estan mullats per l'aigua d'aquest riu, el que fa encara més bell aquest temple.

Té una planta de tipus basilical amb tres naus.

La nau central és més alta que les dues laterals i està coberta amb un embigat de fusta modern, excepte en el tram més proper al presbiteri, on es conserva la volta de canó.

Les naus laterals també estaven cobertes amb volta de quart de cercle, de la que encara queden alguns fragments i que estaven reforçades per uns arcs torals que es recolzen en pilastres que hi ha en els murs nord i sud del temple.

Les voltes arrencaven d'una imposta, que manté alguns fragments esculpits.

Les naus estan separades per arcs formers de mig punt que es recolzen en pilars rectangulars. Aquests tenen columnes adossades, que sustenten els arcs torals de la nau central on es recolza l'embigat. 

Les naus estan acabades en tres absis semicirculars. En el central s'obren tres finestres de mig punt i doble esqueixada, mentre que en els laterals només se n'obre una.

Estan precedits per un doble arc presbiterial, que és apuntat en la nau central i de mig punt en les laterals.

Exteriorment estan decorats seguint la tendència llombarda amb lesenes i arcs cecs. 

En el mur sud hi trobem la portalada de finals del segle XII o inicis del XIII.

És molt similar a la que podem trobar en les esglésies de Sant Lliser d'Alós d'Isil i Sant Llorenç d'Isavarre.

Està formada per tres arquivoltes de mig punt. La central està decorada amb rosetes circumscrites i cilindres.

Protegeix les arquivoltes un guardapols esculpit amb un motiu similar al del tauler d'escacs per la part exterior i amb flors circumscrites per la interior.

Les arquivoltes es recolzen en columnes llises amb els capitells esculpits amb caps humans i d'animals, que fan referència a vicis.

En el capitell més exterior del costat esquerre veiem un rostre de traços molt simples amb una llarga cabellera. En el capitell central hi ha dues aus de coll llarg afrontades. El darrer capitell té esculpit un personatge humà, que sembla estar lligat per una corretja.

En el costat dret veiem un capitell similar al seu oposat amb la seva cara més avorrida. En el capitell del mig hi ha un animal, segurament un rèptil. El darrer capitell està una mica deteriorat, malgrat que sembla que hi havia esculpides dues aus com les del capitell central del costat esquerre.

Sota la teulada podem veure un fris de grans arcs cecs acabats en mènsules decorades amb uns caps humans, d'animals i d'altres motius esculpits.

Els arcs també estan decorats amb un escacat.

Per sobre seu podem trobar un fris amb figures esculpides. Podem veure caps humans, rèptils, peixos, fruits, rosetes circumscrites, caps humans dels que surten unes branques i figures humanes.

Als angles del temple es van aixecar uns torreons, dels quals només es conserven les seves bases.

Alguns d'ells es recolzen en mènsules esculpides que van ser reaprofitades. 

A l'alçada de la porta s'interrompen els arcs cecs i el fris que hi ha just a sobre. En el seu lloc trobem dues lloses sepulcrals del segle XII, on es poden veure a dues parelles de figures humanes agafades pel braç i que van ser ser col·locades en aquest mur posteriorment.  

En aquest mateix mur podem trobar dues finestres apuntades i amb traceria gòtica. Corresponen a unes finestres ja existents, que en unes reformes del segle XIV, es van augmentar les seves dimensions i es van adaptar als gustos estètics de l'època.

En la part superior de les finestres, veiem reaprofitada una mènsula esculpida amb una cara humana.

També en època gòtica es va decorar l'interior de l'ull de bou que s'obres al capdamunt de l'absis principal. En el cas dels laterals, aquests van ser cegats.

Corona el mur oest un campanar d'espadanya d'un sol ull, sota del qual hi ha una finestra de mig punt i doble esqueixada.

Prop del temple, però ja dins del nucli urbà, podem trobar un petit pont medieval que creua la Noguera Pallaresa. Està format per un únic ull de mig punt i té doble vessant.