L'indret de Montangoncello és un dels llocs que el comte Borrell va intercanviar amb els bisbe Sal·la de la Seu d'Urgell l'any 988. Vuit anys més tard trobem les primeres notícies del castell. Aquest va passar a formar part del vescomtat de Castellbó a partir de l'any 1253, dins el quarter d'Organya. L'església de Sant Joan apareix documentada per primera vegada entre els anys 1040 i 1060. En l'actualitat depèn de la parròquia de Santa Maria d'Organyà.

El temple, construït en el segle XII,  està situat junt al cementiri, en un pendent de la serra de Sant Joan sobre el poble de Montanisell. 

El temple és molt senzill, format per una única nau acabada en un absis semicircular, que està decorat amb un senzill fris d'arcs cecs recolzats en petites mènsules, de factura molt tosca.

La porta d'accés es troba en el mur sud. Es de factura molt senzilla i està formada per un arc de mig punt adovellat. En ella es conserva el tirador de tradició romànica.

El temple s'il·luminava únicament amb dues finestres; una en la part central de l'absis i una en el mur sud, aquesta última està molt deteriorada. En època moderna es van fer dues obertures més.

El mur oest està coronat amb un campanar de cadireta d'un sol ull, refet posteriorment.