Coneixem l'existència d'aquest temple ja en l'any 993 gràcies al testament del comte Borrell II, en que deixava a l'església de Santa Maria dues vaques. La primera consagració que coneixem data de l'any 1057 i la va fer el bisbe d'Urgell Guillem de Cerdanya. Una trentena d'anys més tard, en el 1090, es torna a consagrar un nou temple, fet construir per Gitard Isarn, senyor de Caboet, per establir-hi una canònica agustiniana. 

A finals del segle XI un incendi va malmetre considerablement el temple, que obligà a reconstruir-lo. En 1224 la canònica es va independitzar de la seu d'Urgell. Aquesta situació va durar  fins l'any 1539, quan el papa Pau II la va unir a la mensa capitular d'Urgell i era convertida en canònica secular

L'església ha patit nombroses modificacions al llarg dels segles, que han alterat considerablement la seva estructura. Actualment té tres naus, si bé en època romànica només en tenia una.  Aquesta estava acabada en un absis semicircular, que ha quedat parcialment ocult per les construccions posteriors. Encara es poden veure dues de les tres finestres de mig punt i doble esqueixada que tenia. Aquestes estan emmarcades entre lesenes i un fris d'arcs cecs. Sobre aquest fris en trobem un altre de dents de serra.

L'altre element romànic més característic és la façana oest. Està construïda en el segle XIII mostrant ja les traces de l'incipient art gòtic. Està construïda amb carreus molt grossos i ben tallats. El nivell del terra del carrer antigament era molt més alt, però en època moderna es va rebaixar, tal i com es pot veure clarament en la portalada.

La porta d'accés està formada per tres arcs  apuntats, ressaltats per tres arquivoltes, que descansen en una imposta. Aquesta està decorada amb motius vegetals. L'arc més exterior està decorat amb boles, un motiu molt habitual en la zona i que també podem veure en la catedral de la Seu d'Urgell.  L'arquivolta més interior està recolzada en dues columnes, que tenen els capitells llisos en forma d'anell. Les seves bases, en canvi, estan esculpides amb mitges boles unides per tiges.

Tot el conjunt està protegit per un guardapols, esculpit amb trèvols de tres fulles.

Podem aquest mateix motiu escultòric en  la cornisa en que es recolzava la teulada original.

Posteriorment es va sobrealçar el temple, construint una galeria amb vuit arcs de mig punt. En aquest mateix moment es construeix un imponent campanar de torre en l'angle nord-oest.

Tornem, a trobar trèvols de tres fulles en l'anella exterior de l'ull de bou, que s'obre al capdamunt de la porta d'accés. En el cercle següent trobem una altre vegada una decoració a base de boles. L'anell més interior està decorat amb fulles vegetals molt esquematitzades.

En el mur oest també podem veure una finestra de mig punt i de doble esqueixada.

Durant les darreres obres de restauració es van descobrir integrades en el mur sud unes arcades gòtiques, corresponents al claustre canonical.

En el Museu Nacional d'Art de Catalunya es conserva una majestat procedent d'aquest temple. Va ser dipositada pel rector d'Organyà en 1906 i adquirida definitivament pel museu dos anys més tard. Es tracta d'una majestat vestida i coronada de finals del segle XII. Com en d'altres talles de la zona, representa a un Crist no en majestat si no com un Crist sofrent.

En 1904 l'historiador J. Miret i Sans va descobrir les conegudes Holmilies d'Organyà. Durant molt de temple han estat considerades com l'escrit més antic conservat, on apareix la llengua catalana. Va ser escrit a finals del segle XII o principis del XIII. Es tracta d'uns sermons o comentaris de textos litúrgics. Actualment només es conserven vuit fulls en la Biblioteca de Catalunya.