Antigament era coneguda com Sant Cebrià d'Aiguallonga. Aquest indret apareix documentat per primera vegada a partir del segle X. No és fins un segle més tard, que apareix citada l'església de Sant Cebrià, en un testament de l'any 1026. L'església va ser consagrada l'any 1047 pel bisbe Guislabert de Barcelona.

No es fins a principis del segle XIII, que trobem el temple com a parroquial i amb el nom de S. Cipriani de Valledaureixo. El temple ha esta molt modificat al llarg dels segles i costa entreveure l'empremta romànica. Estava formada per una sola nau, coberta amb volta de canó.

En el segle XVII es va reformar profundament el temple, derruint el seu absis per allargar el temple per aquest sector i també es van construir capelles laterals.

La façana de ponent està coronada per un campanar de torre, que va aprofitar l'original de cadireta de dos ulls.

En el museu, situat en la rectoria, es conserva un capitell decorat amb figures humanes als angles, que agafen cintes amb les mans. Entre les figures humanes trobem lleons, amb la boca oberta i la llengua fora. La seva talla ens recorda molt a la del claustre del proper monestir de Sant Cugat. Al llarg dels segles es va buidar el seu interior i es va fer servir com a pica beneitera.