Las primeras noticias del núcleo de Caselles que nos han llegado datan de los años 1162 y 1176. Del templo de Sant Joan no tenemos ninguna noticia hasta el año 1312.  

Nos encontramos ante uno de los edificios más conocidos del románico andorrano. Se cree que se construyó a finales del siglo XII o principios del XIII. Como el resto de edificios románicos del valle tiene una sola nave, de planta rectangular y acabada en un ábside semicircular, que se construyó posteriormente. En la parte central del ábside se abre una pequeña ventana abocinada de medio punto, que sorprende por las reducidas dimensiones si se compara con el tambor absidal. 

El techo de la nave es de madera, que todavía mantiene la policromía del original. La parte alta de los muros laterales tiene forma de bóveda de cañón. Esto ha hecho que los estudiosos no se acaben de poner de acuerdo sobre el por qué de la presencia de estos dos tipos de cubierta. Mientras que algunas fuentes apuntan que la vuelta de piedra no se acabó nunca de construir, otras afirman que se derrumbó muy pronto y se decidió hacer una cubierta más ligera, como es la de madera. Para confirmar o desmentir estas dos teorías sería necesario efectuar los estudios pertinentes..

El ábside fue cerrado en época gótica con un bello retablo dedicado a San Juan. En él se narran diferentes escenas de la vida del santo. Una pequeña puerta permitía acceder a su interior y utilizarlo como sacristía.

En la parte inferior encontramos cinco tablas dónde se representa la Pasión y muerte de Cristo Desgraciadamente estas piezas fueron robadas y sólo se pudieron recuperar cuatro. La quinta se ha reproducido, para permitir la contemplación de todo el conjunto, pero sin policromía.

Presidiendo el retablo encontramos la imagen de San Juan.

El presbiterio queda separado de la nave por una reja del siglo XV.

Pero sin duda el elemento más interesante del interior del templo es la imagen de Cristo Crucificado, que podemos encontrar en el muro norte. 

En 1963 se va retiro el retablo gótico del ábside, para restaurarlo Durante esta operación apareció una cabeza esculpida en el lado izquierdo del altar. Entonces se procedió a excavar la zona, dónde aparecieron numerosos fragmentos de un Cristo Crucificado, hecho con estuco. 

En el muro norte se encontró una cruz en bajorrelieve. Se limpió y se tomaron las medidas para hacer una réplica en madera, donde se fueron colocando los fragmentos que se iban recuperando. Al ver que los fragmentos de la cabeza y de los pies encajaban perfectamente, se dio por buena la suposición de que Cristo estaba ubicado en esta cruz originariamente. Entonces se analizaron las partes de muro cercanas a la cruz, donde se encontraron bajo una capa de cal, restos de pinturas murales góticas. Estas eran de bastante poca calidad y representaban motivos florales. Bajo ellas se entreveían otras imágenes, estas de origen románico. 

Al retirar las pinturas góticas se estropearon las románicas que había debajo, de las que se perdió gran parte del espacio superior. Alrededor de la Cruz encontramos cuatro espacios. En los dos superiores se representaba el Sol y la Luna. Esta última está totalmente rehecha, por que se perdió casi por completo. Más suerte tuvo el Sol, si bien también sufrió daños irreparables.

En los espacios inferiores se representan dos personajes. En el lado derecho encontramos al centuriónº Longinus con una lanza que apunta al costado de Cristo. A la izquierda el soldado Stephanon, que sostiene la esponja empapa en vinagre, que usó por  dar de beber al Mesias.

En el interior también se conserva parte del mobiliario de la época, como el banco que podemos observar en la siguiente  imagen.

El otro elemento interesante del templo es su torre de campanario. Se cree que fue construida exenta, separada del templo, pero que posteriormente se unió mediante un pequeño pasillo. Esto está argumentado por la diferencia de materiales y fábrica utilizados en los tres elementos.

La torre tiene planta cuadrada y cuatro pisos de altura. El inferior tiene los muros más gruesos para soportar la bóveda de cañón con que está cubierto. El resto de pisos están divididos por suelos y techos de madera.

En el segundo piso se abren tres ventanas de medio punto en los muros este, oeste y norte. La misma distribución se repite en el tercer piso, si bien en este caso nos encontramos con ventanas geminadas. Por último en la cuarta planta encontramos tres ventanas geminadas en los muros este, oeste y norte, mientras que en el muro sur encontramos una ventana similar a las de la segunda planta. Las ventanas de las dos últimas plantas están enmarcadas por un friso de arcos ciegos y lesenas esquineras, siguiendo el estilo lombardo.

La torre está coronada con una cubierta piramidal a cuatro aguas. 

La torre tenía un acceso desde el exterior en forma de puerta de arco de medio punto, ahora cegada. El acceso es realiza actualmente a través de una pequeña puerta en la parte norte de la nave, cerca del presbiterio. 

La puerta de acceso del templo se encuentra en el muro norte, al no poderse situar en el muro sur debido al precipicio que hay en esta zona. Está formada por un sencillo arco de medio punto dovelado. Todavía conserva parte de la forja románica.

En los siglos XV y y XVI se construyeron dos pórticos, adosados a los muros norte y oeste  

A los pies del pórtico oeste se descubrió una necrópolis formada por una treintena de tumbas. Estaban excavadas en la roca y orientadas hacia el este, con alguna que otra inclinación. Están datadas a finales del siglo XI o principios del XII. Para evitar su destrucción y como algunos habitantes de la zona no estaban de acuerdo con que se vieran las tumbas, se decidió volverlas a cubrir de tierra.