Las primeras noticias son del año 1322, cuando encontramos varias donaciones hechas a Santa María de Bastanist. Varios indicios, como su ubicación junto a un camino, hacen pensar que se trataba de la capilla de un hospital.

En 1704, tal y como consta en el dintel de la puerta de entrada, se rehizo prácticamente por completo el templo, manteniendo el ábside semicircular y parte del muro norte.

Casi un siglo más tarde sufrió varios saqueos por parte de las tropas francesas, lo que provocó una nueva reforma del templo.

El ábside ha sufrido numerosas modificaciones. Desgraciadamente no es visible ni desde el exterior ni por la parte interior. Un retablo la oculta parcialmente.

Hasta el año 1936, se veneraba en este templo la imagen de la Virgen de Bastanist. Un incendio destruyó la imagen, así como el interior del templo. Actualmente podemos ver en su lugar una réplica bastante fiel. Estaba fechada alrededor del año 1150.