Los orígenes del monasterio los encontramos hacia el año 1150, cuando unos monjes del monasterio francés de Berdous se instalaron en la villa de Cántavos, actualmente abandonada. En 1151 el rey Alfonso VII de Castilla autorizó la fundación del monasterio. Los monjes no se estuvieron demasiado tiempo en este lugar y en 1162 se trasladan a Huerta, a unos 15 km, donde tenían una granja y las condiciones de vida eran mejores. El primer abad fue San Martín de Finojosa. Desde entonces siempre estuvo habitado por una comunidad del Císter, hasta que en 1835 fue desamortizado el monasterio. En 1930 un grupo de monjes del monasterio cántabro de Viaceli volvieron a ocupar el cenobio.

El monasterio estaba rodeado por murallas, al encontrarse en plena frontera entre los reinos de Aragón y Castilla. Todavía se conservan algunos fragmentos de sus muros y algunas torres circulares.

En el siglo XVI, cuando ya no había tensiones entre los dos reinos, se construyó un portal renacentista al estilo de un arco de triunfo.

El templo monacal tiene tres naves y transepto, en el que s’abren cuatro absidiolas laterales y un ábside principal. Este destaca por su amplitud, si bien actualmente está parcialmente oculto por un retablo barroco.

Para colocar este retablo fue necesario tapar las ventanas abocinadas, que iluminaban el presbiterio. Sólo se ha conservado la central, mientras que las laterales fueron sustituidas por unas de nuevas en un nivel inferior y adaptado al retablo.

Exteriormente está decorado con cinco grandes arcos ciegos de medio punto, que descargan su fuerza en unos contrafuertes en forma de lesena.

Esta misma decoración se repite en los brazos del transepto y en las absidiolas, de planta cuadrada.

Las naves laterales están separadas de la principal por cinco arcos, algunos de los cuales son apuntados y otros de medio punto. Los pilares son cruciformes, que reciben la fuerza de los arcos formeros y fajones. Estos segundos, de perfil apuntado, descansan en grandes ménsulas escalonadas, similares a los que encontramos en el monasterio de Santa María de Santes Creus.

La nave central está cubierta con bóvedas de crucería, más sencilla en los tramos próximos al presbiterio y mucho más elaborada en los tramos que ocupa el coro. Las naves laterales, mucho más estrechas, están cubiertas con bóvedas de arista.

En el transepto, cubierto con bóvedas de crucería, se abren cuatro arcos apuntados, que nos permiten el acceso a las absidiolas laterales.

Las absidiolas son de planta rectangular, cubiertas con bóvedas de arista. La situada más al sur conserva restos de pinturas murales góticas.

En la absidiola situada más al norte contiene una pila bautismal, decorada con una cenefa hecha con dos líneas entrelazadas formando círculos. Está datada a principios del siglo XIII.

En el brazo norte del transepto podemos ver la escalera que conducía hacia el dormitorio de los monjes.

A los pies del templo podemos ver el sepulcro de Rodrigo Jiménez de Rada, arzobispo de Toledo y benefactor del monasterio.

La puerta de acceso está en el muro oeste, a los pies de la nave principal. Está formada por seis arquivoltas apuntadas, protegidas por un guardapolvo decorado con puntas de diamante.

Estas están decoradas con arcos ciegos, dientes de sierra y baquetón. Todavía se conserva parte de la policromía con la que fueron decoradas en el siglo XVI.

Las arquivoltas descansan en seis pares de columnas, que tienen sus capiteles esculpidos con motivos vegetales.

Esta puerta estaba protegida por un atrio, formado por tres espacios cubiertos con bóvedas de crucería y que alojaba dos arcosolios. En 1581 se demolió para construir la hospedería. A la derecha de la portalada todavía podemos ver el trazado apuntado de una bóveda.

Por encima de la portalada  encontramos el impresionante rosetón. Sus círculos están decorados con puntas de diamante. Su parte central ha sido totalmente reconstruida, por que fue tapiada para abrir nuevas ventanas más acuerdo con los gustos de la época.

El claustro, adosado al muro norte del templo, es de factura gótica, pese a que ha sufrido numerosas modificaciones a lo largo de los siglos. Fue construido en el siglo XIII con grandes arcos apuntados que se abrían al patio central. Estos arcos fueron reformados en 1659, cegándolos parcialmente. La apertura del arco se redujo y se construyó un pequeño óculo sobre el nuevo arco de medio punto. En 1768 se cegó este nuevo arco y en algunos casos se construyó una pequeña ventana cuadrada. Sería interesante una restauración que le devolviera un aspecto más digno.

En el siglo XVI se construyó un segundo piso, en estilo plateresco.

Las galerías están cubiertas con bóvedas de crucería.

En algunos puntos del claustro podemos ver elementos escultóricos que se han ido encontrando a lo largo de los últimos años, como capiteles o canecillos.

En el sector este, junto a la puerta que comunica con el templo, encontramos los arcosolios dónde estuvieron los sepulcros de los condes de Molina y de Pedro Manrique.

En esta misma galería se encontraba la antigua sala capitular, que en el siglo XVIII se destruyó parar ampliar la sacristía. Todavía se conservan, si bien cegadas, sus ventanas y la puerta de acceso.

Las ventanas están formadas por dos ventanas geminadas, enmarcadas dentro otro arco.

Hasta hace unos años, en el claustro se conserva una imagen gótica y policromada de la Virgen con el Niño.

Desde la galería norte del claustro podemos acceder a uno de los elementos más interesantes del monasterio: el refectorio.

Se accede a él tras atravesar una puerta con tres arquivoltas apuntadas y decoradas con dientes de sierra.

Sus capiteles están esculpidos con motivos vegetales.

Sobre la puerta podemos encontrar un rosetón, a imagen del que encontramos en el muro oeste del templo, pero que está parcialmente oculto debido a la ampliación del claustro.

El refectorio fue construido en 1215. Tiene planta rectangular y destaca por su amplitud y luminosidad, que tiene gracias a los numerosos ventanales abiertos en sus muros.

Sus bóvedas estrelladas no requieren de ninguna columna y descargan su fuerza directamente en los muros laterales.

En el muro este hay una escalera construida en el interior del propio muro, que conduce hasta el púlpito dónde se situaba el monje encargado de leer pasajes de las Escrituras durante las comidas.

La escalera se abre al refectorio mediante diez arcos, apoyados en columnas octogonales y con sus capiteles de tipo vegetal.

En su muro izquierdo podemos ver la pequeña apertura que comunica con la cocina y que permitía hacer llegar los alimentos de una sala a la otra.

La cocina es de factura gótica. Destaca su gran chimenea, situada en medio de la sala.

A su lado encontramos el refectorio de los conversos. Es la sala más antigua del claustro y también destaca por su belleza. Cinco grandes columnas dividen el espacio en dos naves.

Los nervios de las bóvedas de crucería descansan en estas columnas, que tienen los capiteles esculpidos con motivos vegetales muy esquemáticos.

La bodega es también una de las dependencias más antiguas del monasterio. Cinco grandes arcos de medio punto, que arrancan prácticamente desde el suelo, sirven de apoyo a la cubierta de madera. Encima de esta sala se encuentra el antiguo dormitorio de los monjes, hoy convertido en biblioteca.

En el siglo XVII se construye un nuevo claustro, en estilo herreriano.