Fue fundado en el año 1140 por los monjes Cistercienses de la abadía de Scala Dei situada en el monte Yega. Monjes de esta abadía también fundaron años más tarde el monasterio de Santa Maria de la Oliva, con el que siempre hubo una buena relación. Estos se trasladaron definitivamente a Fitero hacia el año 1152. La construcción del  templo actual se inició hacia el año 1175 por la cabecera y se acabó en el año 1247.

Nos encontramos en el primer monasterio Cisterciense fundado en la península y tuvo mucho poder, hecho que provocó que se desarrollara la población de Fitero a su alrededor.

La iglesia tiene planta de cruz latina, con tres naves divididas en seis tramos. La principal es más alta y ancha que las otras y se separa de las laterales a través de seis parejas de pilares cruciformes. Las naves están cubiertas con bóvedas de crucería reforzadas con arcos apuntados.

Lo que más destaca de este conjunto monástico es su cabecera. Pese a su sobriedad, es muy interesante por sus proporciones y líneas. Está formada por un ábside principal del que salen cinco absidiolas radiales alrededor de un deambulatorio. Algunas de estas absidiolas desaparecieron durante las reformas realizadas en el siglo XVII. También podemos encontrar cuatro más situados en los brazos del transepto.

En los pies de la nave se abre la portalada principal. Formada por ocho arquivoltas de medio punto, la mitad de las cuales están sustentadas en cuatro pares de columnas con capiteles decorados con motivos vegetales y animales.

También es de la misma época la sala capitular. Se abre al claustro a través de tres ventanas de medio punto con capiteles decorados con motivos vegetales. La sala tiene cuatro columnas cilíndricas que sustentan las bóvedas apuntadas. El resto de dependencias monásticas, entre ellos el claustro, corresponden a las reformas realizadas durante los siglos XVI y XVII.