Los orígenes del monasterio se sitúan hacia el siglo VI. Se tiene constancia de la existencia de un monasterio en época visigoda, que posteriormente fue abandonado por sus monjes, que buscaban una vida mucho más austera y eremítica.

A principios del siglo X, Franquila recorre estas tierras buscando los anacoretas que había dispersados ​​y los convence para vivir en comunidad. En el año 909, el rey Ordoño II otorga privilegios al cenobio, permitiendo así su reconstrucción.

La fama de santidad que tenían sus monjes traspasó fronteras y propició numerosas donaciones y privilegios. También hizo que nueve obispos del siglo X dejaran su mitra para ir a vivir en el monasterio. Por eso figuran nueve mitras en su escudo. En su honor, se construyó el claustro de los obispos en el siglo XIII, el más antiguo del actual conjunto.

El poder e influencia del cenobio fue creciendo hasta el punto de originar varios pleitos y litigios con los señores de la zona. Por esa época, la acción de los abades parece que no era tan admirable como unos siglos antes y cometían numerosos abusos. Estas dos circunstancias desembocaron en la anexión al monasterio de la Congregación de San Benito de Valladolid, por orden del papa Julio II en 1506.

La filiación a este monasterio provocó una profunda reforma del cenobio. Es en este momento cuando se construyen los otros dos claustros y buena parte de los edificios que han llegado hasta nuestros días, convirtiéndose en uno de los monasterios más importantes de Galicia. También se fundó el Colegio de Artes y Filosofía.

En 1835 es víctima de la exclaustración, lo que provocará su abandono y progresivo deterioro, hasta que fue adquirido por el Estado español para alojar un Parador Nacional. A pesar de esta condición, se puede circular libremente por sus claustros y otras dependencias.

La iglesia se empezó a construir en el 1184, aunque en estilo románico, pero muestra una clara transición hacia el gótico. Tiene planta basilical con tres naves, divididas en cuatro tramos. Los dos más cercanos a la cabecera son románicos, mientras que los dos más occidentales ya están hechos según los cánones góticos.

En el primer tramo de la nave, el más cercano a la cabecera, encontramos pilares cruciformes con semicolumnas adosadas y pequeñas columnas en los ángulos. En el resto de tramos, debido al cambio de estilo constructivo, los pilares pasan a ser rectangulares con semicolumnas adosadas. Los capiteles están decorados a base de motivos vegetales. En la cabecera podemos ver algún capitel figurado y con bestias fantásticas como arpías.

Las naves tienen bóvedas estrelladas, construidas en el siglo XVI, cuando sustituyó a la anterior cubierta de madera.

También se sustituyó la fachada románica por una de renacentista mucho más sencilla.

La cabecera está formada por tres ábsides semicirculares. Sorprende el hecho de que el central sea mucho más bajo que los laterales, algo poco frecuente en el románico.

El motivo de esta composición responde a dejar el espacio suficiente para poder abrir un gran rosetón, que ilumina el templo.

El ábside central está dividido en cinco espacios gracias a cuatro columnas adosadas, con capiteles vegetales. En cada uno de estos espacios se abría una ventana, decorada con una arquivolta apoyada con columnas, que tienen los capiteles de tipo vegetal. Las ventanas impares estaban abiertas, si bien actualmente se encuentran cegadas, a excepción de la del lado sur.

Las dos ventanas parejas eran cegadas ya originariamente. En su parte superior hay unas aberturas circulares que forman una cruz, sobre la que encontramos un elemento escultórico a base de círculos concéntricos y bolas.

Bajo la cornisa encontramos pequeños arcos ciegos apoyados en ménsulas, bellamente esculpidas con motivos vegetales, geométricos y algún ángel. Entre las ménsulas también encontramos metopas esculpidas con escenas litúrgicas, figuras humanas y elementos vegetales. Sin tratarse de un conjunto escultórico excepcional, desgraciadamente no siempre es posible acceder a este espacio, ya que una puerta con un candado nos lo impide.

El friso de arcos ciegos y metopas se repite en los ábsides y muros laterales del templo.

En cuanto al interior de los ábsides, pocas cosas podemos decir, pues se encuentran ocultos por retablos barrocos. Sólo podemos ver sus bóvedas de cuarto de esfera, reforzadas por nervios, que se apoyan en columnas adosadas.

En el primer tramo del templo, entre las naves central y norte, encontramos uno de los elementos más interesantes del templo. Se trata de un retablo de piedra, de forma pentagonal. Algunas fuentes afirman que podría tratarse del tímpano de la antigua portada románica, pues encontramos similitudes con otros tímpanos de la zona.

Está esculpido por las dos caras. En la frontal vemos a Jesucristo acompañado por los doce apóstoles, todos ellos protegidos por arcos ciegos. En la parte central vemos a Cristo en actitud de bendecir y llevando una cruz. Le flanquean las figuras de San Pedro y San Pablo. Estas tres imágenes están separadas del resto por dos pequeñas columnas, que tienen los capiteles decorados con aves que picotean sus patas.

La parte posterior presenta una decoración más austera. El espacio está dividido trece arcos de medio punto, apoyados en columnas. En el arco central encontramos la figura de Cristo. El resto están vacíos.

En cuanto al resto de dependencias monásticas, destaca el claustro de los obispos. Está adosado al muro norte del templo.

Se construyó en el siglo XIII, aunque fue ampliado con un piso superior posteriormente.

Fruto de esta reforma son las bóvedas de crucería góticas y los contrafuertes para reforzar la estructura.

Los arcos de medio punto se apoyan en parejas de columnas, que tienen los capiteles esculpidos básicamente con motivos vegetales o geométricos. A pesar de ello podemos ver algunos otros motivos, como perros, liebres, arpías, sirenas pájaro o alguna figura humana.

En el ángulo sureste encontramos una puerta que nos permite acceder al piso superior y otras dependencias monásticas. Es una puerta de medio punto con dos capiteles bellamente decorados.

En el del lado izquierdo se representó el sacrificio de Isaac, mientras que en el del lado derecho hay esculpida una arpía.