Está situada en la parte alta de un pequeño cerro, al cual se accede por el empinado y adoquinado Camino Real. No se conoce exactamente la fecha de su construcción, ya que hasta el siglo XVII no encontramos documentos escritos que hagan referencia. Debido a su estructura, elementos arquitectónicos y escultóricos, se cree que fue edificada por Ramiro I en el siglo IX. Otros datos indican que podría existir un templo visigodo anterior y que Ramiro I lo reformó. Por los restos de elementos visigóticos que se pueden encontrar en su interior, parece que esta versión es la más probable.

A diferencia del resto de edificios prerrománicos asturianos, está construida con una única nave dividía en cinco tramos y con planta cruciforme. A ambos lados de la nave se abren dos dependencias dedicadas a sacristía.

La nave está precedida por un vestíbulo cubierto con bóveda de cañón. En las paredes laterales podemos ver unos pequeños compartimentos destinados al refugio de los peregrinos durante la noche.

Del exterior destaca su juego de volúmenes entre la nave y las otras dependencias. También son interesantes la ventana que podemos encontrar en la capilla de la cabecera y en las sacristías. La de la cabecera tiene forma rectangular y está dividida en tres tramos por unas sencillas columnas con los capiteles esculpidos. En una de las sacristías encontramos una ventana todavía más interesante. También se encuentra dividida por columnas, que en este caso sustentan unos arquillos de medio punto.

Pero sin duda el tesoro más preciado de Santa Cristina de Lena es su cabecera. Se encuentra elevada un metro respecto al suelo de la nave. Tiene forma rectangular y sólo una capilla o ábside con bóveda de cañón reforzada por un arco fajón. En los muros laterales de la capilla se encuentran unos grandes arcos ciegos de medio punto. A ambos lados de este ábside podemos encontrar dos arcos de medio punto excavados al muro, simulando dos pequeñas capillas laterales. Por encima de las tres aperturas que encontramos en este muro, hay una arquería ciega de tres arcos de medio punto sostenidos, en la parte central, por dos pares de columnas esculpidas en forma de cuerda. Los capiteles también son dignos de mención, dónde podemos ver algunos animales.

Separa el presbiterio de la nave un bonito iconostasis. Es el más antiguo que se conserva en toda España. Está formato por tres arcos apoyados en columnas con el fuste liso y los capiteles corintios. Por encima de estos arcos encontramos tres más y entre ellos cinco celosías, algunas de ellas reconstruidas. Bajo los arcos laterales encontramos dos escaleras que permiten salvar el desnivel entre la nave y el presbiterio.

El arco central tiene un fragmento de mármol de época visigoda. Se trata de piezas reaprovechadas y dónde se pueden ver esculpidos racimos de uva, cruces circunscritas y florones. En los extremos superiores hay unas inscripciones dónde se puede leer que el abad Flaino lo ofrece en honor a los Apóstoles de Dios Pedro y Pablo.

A más de la decoración de los capiteles de la cabecera, en el templo podemos encontrar otros elementos ornamentales. La nave se encuentra dividida en cinco tramos. Estos cinco tramos se corresponden con unos arcos ciegos que hay en los muros sur y norte, que se apoyan en columnas con el fuste liso y los capiteles en forma de pirámide invertida y truncada. Estos capiteles están decorados con molduras en forma de cuerda que crean diferentes triángulos dentro de los cuales encontramos tanto figuras humanas como animales. Tienen la misma estructura que los que podemos ver en el muro dónde se encuentra el ábside. La cubierta de la nave es de bóveda de cañón, reforzada en arcos fajones que descansan sobre impostas. Esta cubierta es de 1893, cuando se sustituyó la cubierta de madera que había. De acuerdo con la interpretación de diferentes elementos arquitectónicos se tomó esta decisión, ya que todo apuntaba que originariamente este era el tipo de cubierta que había. Por debajo de las impostas podemos encontrar fajas y medallones esculpidos, similares a los que se pueden ver en Santa Maria del Naranco.

Justo después del vestíbulo podemos encontrar una tribuna elevada y sostenida por un gran arco de medio punto. Se accede a ella por una escalera de piedra que encontramos en el muro izquierdo del templo.