Se accede a la cripta por una escalera de caracol que hay en el lado derecho del templo o bien a través de una portalada que hay en el paso subterráneo. Está formada por cuatro arquivoltas de medio punto. La primera y tercera se apoyan dos pares de columnas con los capiteles esculpidos de manera muy tosca, siguiendo la línea de los que podemos encontrar en toda la galería subterránea.

La galería, que tiene casi veinte metros de longitud, está dividida en cinco tramos recubiertos con bóveda de arista y separados por gruesos arcos fajones de medio punto, que se apoyan en unos bancos adosados que recorren todo el túnel. Los arcos se apoyan en pilastras y columnas. En la primera pieza cilíndrica parece emularse la figura de un capitel en el que ha esculpidas figuras muy sencillas.

En los muros laterales podemos observar algunas cruces funerarias. Sobre una de ellas podemos ver esculpida, con caligrafía típica del siglo XI, la palabra STEFANIA, nombre de la reina Navarra que promovió la construcción del templo. Esto ha disparado numerosas hipótesis, incluso la que podría estar enterrada en este lugar.

La cripta está formada por tres ábsides semicirculares con bóveda de cuarto de esfera que están situados justo debajo de los de la iglesia principal. Esto hace que exteriormente el conjunto tenga una gran altura, ya que no hay ninguna separación entre los dos niveles. Preceden a los tres ábsides unos arcos triunfales formados por un doble arco sustentado en pilastras.

El interior de los ábside izquierdo y central están decorados con pinturas del siglo XIV y de estilo gótico. En el ábside izquierdo podemos precisar todavía más su fecha de creación gracias a una inscripción que hay sobre la ventana en que podemos ver la fecha de 1378. Por encima de la inscripción podemos ver una cruz de consagración y una imagen del Agnus Dei. En el centro de la bóveda hay un Pantocrátor rodeado del Tetramorfos. También se pueden encontrar en este ábside escudos heráldicos y la imagen de San Gil, así como diferentes escenas de la vida de Jesús.

La bóveda del ábside central está dividida en dos partes bien diferenciadas. En la más superior podemos ver la escena de la Coronación de Maria. En el piso inferior, enmarcadas por unos arcos podemos encontrar diferentes imágenes de la vida de la Virgen como son la Anunciación, el Nacimiento de Jesús, la Epifanía, la resurrección de Cristo, la subida al Reino de los Cielos o la llegada del Espíritu Santo. Por debajo de estas imágenes, ya en cuerpo cilíndrico del ábside podemos encontrar representadas otras escenas bíblicas y luchas entre caballeros.

El arco que da paso al ábside está decorado interiormente con personajes bíblicos. El tramo recto del presbiterio tiene una decoración bastante curiosa formando una clase de tablero de ajedrez pero de colores rojo y blanco. En el muro del lado izquierdo se ha representado la escena de la Crucifixión, mientras que en el del lado derecho hay la escena de la Virgen dormida.

En este ábside se venera la imagen de la Virgen del Perdón, una talla del siglo XIII. Está colocada encima de un altar decorado con pinturas que nos hablan de la vida y el martirio de San Pedro. Originariamente este altar se encontraba en el ábside derecho . En el ábside izquierdo se podía venerar la imagen de un Cristo Crucificado, conocido como Cristo del Perdón, del siglo XIII. Actualmente esta talla está instalada en la iglesia superior.

Por último destacaremos los dos capiteles finamente tallados por el Maestro Esteban, autor de las imágenes de la Catedral de Santiago de Compostela o de la portalada de San Salvador de Leyre. Se trata de dos capiteles de una calidad excepcional. En uno hay esculpidas dos mujeres agachadas estirándose los pelos y lamentándose. La decoración de tipo oriental de sus túnicas  ha hecho disparar numerosas especulaciones alrededor de la posible inspiración musulmana. Lástima que no se pueda contemplar con claridad en esta fotografía. Debemos agradecérselo una vez más al sacerdote del templo que no me permitió repetirla; había superado el cupo.  El otro capitel nos representa dos preciosos pájaros con el cuello enroscado picoteándose las patas.

La iconografía expresada en estos capiteles la encontramos repetida en otros lugares dónde trabajó el Maestro Esteban, pero sin duda es en esta cripta dónde su obra es más espectacular, en parte gracias a la piedra calcárea utilizada.