La iglesia de San Juan es el único resto de un antiguo priorato hospitalario de la comanda ribagorzana de Siscar. Se desconocen los orígenes del priorato, si bien todo parece indicar que el definitivo impulso para su creación fue el testamento de Arnau Mir I de Pallars Jussà, que en 1171, dejaba el condado a su hijo Ramon V bajo el alto dominio del Hospital. A la muerte del conde, en 1174, y Ramon V no estuvo de acuerdo con este testamento. Se produjeron fuertes disputas y enfrentamientos, que parece finalizaron con la cesión de bienes, el arrabal de San Juan y la jurisdicción de su parroquia, así como algunos derechos jurisdiccionales en la villa de Montañana y algunos alodios en la zona.

Este priorato siempre estuvo muy vinculado a la casa madre de Siscar, si bien en el siglo XIV disfrutó de una cierta autonomía, aunque en el siglo XV pasó a estar bajo la obediencia directa del comendador de Suterra-Siscar. El priorato siguió activo hasta la desamortización de Mendizábal, momento en que pasó a depender de la diócesis de Urgell. Este fue el inicio de la decadencia del templo, que hasta hace unos años estaba amenazando ruina. Incluso se derrumbó parte de la bóveda en el sector de levante. Por suerte, en este caso si que llegó a tiempo la intervención de las autoridades y actualmente luce un muy buen aspecto.

El templo presenta una sola nave, cubierta con una bóveda de perfil apuntado, reforzada por dos arcos fajones. Tanto la bóveda como los arcos arrancan de una imposta biselada, que recorre los muros laterales y el ábside semicircular con que está rematada a levante la nave.

El ábside es totalmente liso, a excepción de la ventana en forma de aspillera y enmarcada dentro de un arco de medio punto, que se abre en la parte central.

En algún momento posterior a la construcción del templo se edificaron dos capillas laterales, de las que hoy sólo se conservan los arcos apuntados con que se comunicaban con la nave.

Se accede al templo mediante dos puertas: una abierta en el muro sur y la principal abierta en el muro oeste.

La puerta principal, datada en el siglo XIII, está formada por cuatro arcos de medio punto en gradación, protegidos por un guardapolvo.

Estos arcos descansan en una imposta decorada a base de motivos vegetales.

Los arcos pares se apoyan en dos parejas de columnas, que tienen sus capiteles esculpidos con una factura bastante simple. En el capitel más externo del lado izquierdo vemos a un cura, flanqueado por dos acólitos. El del lado izquierdo sostiene un cirio, mientras que el de la derecha lleva un incensario.

El siguiente es de difícil interpretación. En la parte central se ha esculpido un personaje con capucha, que a su izquierda tiene un personaje agachado, con un brazo a la altura del pecho y el otro como si se tapara los genitales. Algunas fuentes consideran que esta figura está desnuda y se tapa con los brazos, mientras que para otros estudiosos, sencillamente está señalando a la figura central con el brazo derecho. En el otro extremo del capitel vemos otro personaje, que lleva un caballo, del que sólo vemos la cabeza y el cuello.

En el ​​otro lado de la puerta, vemos un capitel donde se ha vuelto a representar a un cura, en este caso con casulla, con los brazos abiertos en actitud de oración. Le acompañan dos acólitos.

En el último capitel vemos la representación del sacrificio de Isaac, con una figura central que coge del pelo al personaje del lado izquierdo, mientras que a la derecha, de entre las nubes, surge un ángel. Esta misma escena se representó en la vecina iglesia de Santa María de Baldós, lo que explicaría la existencia de esta escena en la portada.

También están esculpidos los dos montantes de la puerta. En el lado izquierdo está la cabeza de un animal fantástico, tal vez un león. A la derecha, en cambio, vemos el bautismo de Cristo por San Juan Bautista, titular del templo. Les acompaña un ángel.

Las aristas de las jambas han sido rebajadas con baquetones en los que se han esculpido motivos vegetales y cabezas humanas.

En la parte central del arco interior vemos pintada la cruz de Jerusalén, flanqueada por dos medias lunas, herencia del orden hospitalaria que custodiaba el templo.

Sobre esta puerta encontramos una gran ventana de medio punto formada por dos arcos de medio punto en gradación, rodeados por un guardapolvo.

Corona la fachada una espadaña de dos pisos.

En el muro sur encontramos otra puerta de acceso, formada por dos arcos de medio punto en gradación, el exterior hecho con grandes dovelas y protegido por un sencillo guardapolvo.

Durante las obras de restauración se descubrieron unas pinturas murales en el muro norte, bajo el coro, adaptadas al espacio, por lo tanto fue pintadas posteriormente a la construcción del coro. Desgraciadamente sólo se ha conservado la parte correspondiente a los registros superiores. Su estilo se corresponde con el gótico lineal, probablemente realizadas a finales del siglo XIV o principios del XV. En ellas se representa la historia de las once mil vírgenes. Podemos ver en la esquina superior izquierda un barco en el que se vislumbran numerosos cabezas femeninas. En la parte central hay una imagen de Santa Úrsula, protagonista de la historia. En la parte superior derecha vemos a la Santa durante su martirio a manos del general de los Hunos. Bajo esta escena vemos lo que parecen unas monjas.

También se descubrieron durante la restauración las ménsulas de madera, decoradas en estilo mudéjar, en que se apoyaba el coro elevado.

En el exterior del templo podemos ver algunos sarcófagos y restos de enterramientos.