La tradició ens diu que a principis del segle VIII, Voto, un noble de Saragossa estava perseguint un cérvol, quan va caure per un penya-segat. Mentre queia es va encomanar a Sant Joan. Aleshores el cavall es va posar suaument en una roca i desprès de cavalcar uns metres va arribar a una cova on hi havia el cos de l'ermità Joan d'Atarés. Cavall i cavaller van morir i van ser sepultats en aquell indret. A partir d'aleshores aquest indret es va convertir en un lloc on van residir nombrosos ermitans. El rei de Pamplona Garcia Jiménez va voler ser enterrat allí, fet que li va donar prestigi. A partir d'aquest moment els reis navarresos i els comptes aragonesos van protegir l'indret i el van concedir tota mena de privilegis.

L'any 920 es va consagrar l'església mossàrab i l'any 1025 es fundava un nou monestir ja en estil romànic. Uns anys desprès, en 1071, Sanç Ramírez fa edificar l'església superior i les dependències monàstiques que ens han arribat. Durant l'època en que Aragó fou un regne independent, el monestir es converteix en panteó de reis i de nobles. Amb la unió de les corones aragonesa i catalana el monestir perd la seva importància, ja que la cort es va traslladar a terres catalanes.

El 24 de febrer de 1675 es va iniciar un incendi que durant tres dies va devastar part del monestir. Les destrosses foren tan importants que la comunitat de monjos va decidir construir un nou monestir en una esplanada propera.

A continuació us convidem a visitar, encara que sigui virtualment, les diferents dependències del monestir.