Les primeres notícies que ens han arribat d'aquest indret són de l'any 983, quan hi apareix com una de les possessions del monestir de Sant Andreu prop Bagà en el moment de la seva consagració. El 20 d'octubre de l'any 983 es va consagrar l'església parroquial del monestir de Sant Llorenç prop Bagà, dedicada a sant Miquel i en la seva acta de consagració es fa constar que el Levita Francó va donar uns alous i una església al nou temple. Aquesta església té el nom esborrat, però es diu que està en el comtat de Berga i en la muntanya de Pedret, en el lloc de Nesplosa. No està clar si aquest temple és sant Quirze de Pedret o no, però si ho fos, aquesta seria la primera menció escrita del temple, que en aquells moments no tindria condició de parròquia.

En tot cas, la primera vegada en que realment trobem documentat el temple sense cap ambigüitat és l'any 1248, quan Ferrer de Vilar, rector de Sant Quirze de Pedret, va donar uns bens i terres al monestir de Sant Pere de la Portella, per a remei de la seva ànima.

A partir del segle XVIII, el temple comença a deteriorar-se a causa de l'abandó a que va estar sotmès, doncs ja havia perdut la condició de parròquia, fins que en 1964 s'inicien unes obres de restauració que van permetre restablir-hi el culte. La restauració, polèmica, va buscar retornar l'aspecte que el temple va tenir en el segle X, tot i que el resultat final no s'escau amb com era el temple en aquell moment.

El temple es caracteritza per la barreja d'elements pre-romànics i romànics. Es va iniciar la seva construcció en el segle IX amb una església formada per una sola nau acabada en un absis trapezoïdal cobert amb volta de pedra ultrapassada i que corresponen a la nau central actual.

En el segle X s'amplia el temple amb la construcció de dues naus laterals acabades en uns absis de planta de ferradura.

A finals del segle X o principis del XI es va afegir un cos als peus de la nau central, que posteriorment es va reconvertir en porxo i que en el segle XIII ja havia desaparegut. .

La nau sud es va enfonsar parcialment en el segle XIII. Fruit d'aquest incident es va reforçar els arcs i les cobertes, per evitar que es tornés a repetir.

Les cobertes actuals de les naus són de fusta. La de la nau central és de dos aigües, mentre que les laterals només tenen una, reproduint el tipus de coberta que hi havia en el segle X. A finals del segle XII o principis del XIII es van substituir per una volta apuntada la nau central i una de quart de cercle la nau nord.  Durant la darrera restauració es van eliminar aquestes voltes per fer unes cobertes similars a les originals. 

Les naus es separen entre si mitjançant arcs de ferradura adovellats, que descansen directament en els pilars rectangulars.

Els muntants d'alguns dels arcs han estat reconstruïts, doncs al llarg dels segles es van eliminar, perdent els arcs la forma de ferradura. El desnivell del terreny fa que el terra de la nau nord estigui més elevat que el de les altres dues.

Els absis es comuniquen amb les naus a través d'arcs de ferradura adovellats, que com els de la nau tenen els muntants reconstruïts.

Els arcs dels absis laterals es recolzen en columnes amb el capitell esculpit amb motius geomètrics molt senzills.

El temple està il·luminat per diverses finestres d'una i de dues esqueixades. En l'absis principal hi trobem dues finestres d'una sola esqueixada: una oberta al sud i l'altra a l'est. La mateixa disposició es repeteix en l'absis sud, mentre que en el del costat nord només n'hi ha una a llevant. La nau principal també està il·luminada per dues finestres de mig punt i una esqueixada, obertes en el mur sud i dues més en el mur oest. En aquest mur també podem veure una porta, que correspon a la primitiva entrada del temple.

La porta d'accés actual es troba en el mur sud. Es va construir en el segle XIII i està formada per dos arcs de mig punt adovellats en gradació, protegits per un guardapols.

L'arc més exterior es recolza en dues columnes, molt erosionades, amb els capitells esculpits, també molt deteriorats. En el costat esquerre sembla que hi havia representats alguns personatges, mentre que en el costat dret veiem unes bèsties alades. La imposta està decorada amb motius vegetals.

Al costat de la porta d'accés també veiem el que es conserva de la torre campanar construïda en el segle XIII. Malauradament hem perdut el pis superior on s'obrien les finestres i allotjaven les campanes.

Sant Quirze de Pedret no només destaca per la seva arquitectura. També són molt importants les pintures murals que decoraven els seus murs. Es van localitzar pintures de dues etapes diferents: unes datades en el segle X i altres en el XI. Aquestes segones van ser fetes per l'anomenat Mestre de Pedret. Malauradament es van perdre la majoria i bona part del que ha arribat fins als nostres dies es conserven en diferents museus. En el temple es poden veure reproduccions d'alguns d'aquests fragments. 

En l'absis central podem  veure la reproducció de dues imatges pre-romàniques, datades al segle X, que es van descobrir en retirar les pintures romàniques del segle XI. Estan situades a banda i banda de la finestra que hi ha al centre de l'absis. Són les imatges més conegudes de Sant Quirze de Pedret, malgrat que es conserven en el Museu Diocesà i Comarcal de Solsona.

En el costat dret trobem la figura d'un personatge vestit amb túnica i amb els braços oberts, conegut com l'orant, que està dins d'un cercle decorat amb motius de ziza-zaga. Al damunt del cercle hi ha un ocell, que podria ser un paó o un àguila.

A la banda esquerra trobem una creu grega en el centre de la qual hi ha representat un cavaller armat, acompanyat d'un home, un gos i un ocell. Flanquegen la creu dos figures humanes: una amb una gran vestimenta i l'altra nua i que porta un bastó.

També es conserven en aquest museu alguns fragments de les pintures romàniques que decoraven l'absis principal i part de la nau central.

En ells es pot veure representat el martiri de Sant Quirze i Santa Julita, així com els Ancians i els Genets de l'Apocalipsi, el sacrifici d'Isaac i a Caim i Abel presentant ofrenes a Déu. Malgrat que la majoria de fragments van ser traslladats al museu, encara es conserven alguns fragments in situ.

Des de l'any 1922 es conserven en el Museu Nacional d'Art de Catalunya les pintures murals que decoraven les absidioles laterals.

En la del costat sud podem veure, tot i que en un estat de conservació molt deficient, a la Mare de Déu presidint la volta.

Per sota seu trobem la paràbola de les verges prudents i les de poc seny o fàtues.

A la dreta de les verges assenyades hi ha representada l'església, amb un personatge femení assegut sobre un temple.

En el nivell inferior s'hi van representar cortinatges.

En l'intradós de l'arc veiem a Sant Mateu en un escriptori, doncs és en el seu Evangeli en el que apareix aquesta paràbola.

En el temple s'han reproduït aquestes pintures, tot i que aquesta reproducció no s'ha limitat als fragments conservats, si no que s'ha pintat l'absis en la seva totalitat.

En l'absidiola nord, pitjor conservada a causa de la humitat, estaven representats els dotze apòstols, amb Sant Pere entronitzat en la part central. En la volta es creu que es va representar la imatge de Déu. El nivell inferior, com en l'absis sud, estava decorat amb cortinatges.

En l'interior del temple es conserva una pica baptismal molt deteriorada, doncs durant molts anys va estar a l'exterior de l'edifici. Malgrat l'erosió, encara es poden veure alguns dels detalls florals que decoraven la seva part superior. La part central estava decorada amb elements amb baix relleu difícils d'identificar a causa del seu deteriorament.

També podem trobar una pica d'olis, així com a diferents elements escultòrics com columnes i capitells, que s'exposen en la nau nord.

En el Museu Municipal de Berga podem veure un vas d'uns vint centímetres d'alçada. Està decorat amb un vernís blanc i línies de color verd i marró, que s'entrellacen. Malgrat la semblança amb les ceràmiques de l'època califal, semblaria que ens trobem davant una peça de finals del segle XII. També es conserven, tot i que molt fragmentats, un plat i una copa de vidre.

En el Museu Diocesà i Comarcal de Solsona es conserva una lipsanoteca, feta amb una petita ampolla de vidre de color verd, probablement del segle X.

També en aquest museu es conserva un encenser de coure i de forma esfèrica datat en la segona meitat del segle XII.

L'edifici del davant del temple presenta alguns fragments de murs amb parament romànics, el que fa pensar que l'església no estava isolada, si no que hi havia alguna construcció on vivien les persones que en tenien cura.

Per arribar al temple cal creuar un pont medieval, de quatre arcs, que es recolzen directament en la roca.