Els orígens de l'actual monestir els trobem en un cenobi o lloc emerític d'època visigòtica. Aquest passà a dependre de del monestir de Santa Maria de Ripoll l'any 933, junt amb les esglésies de Sant Iscle, Sant Martí i Sant Pere, gràcies a una donació feta pel compte Sunyer. La influència del monestir de Ripoll era molt fluixa i per aquest motiu el monestir de Santa Cecília de Montserrat va intentar fer-se amb el control del cenobi benedictí de Santa Maria.  L'abat Oliba va reclamar al compte Berenguer Ramon I que aclarís aquesta disputa, que va ser resolta l'any 1023 confirmant la dependència de Ripoll. Cap a l'any 1070 el monestir de Ripoll passà a dependre del de Sant Víctor de Marsella i Santa Maria de Montserrat passà a ser un priorat.  

En el segle XI es va edificar un nou temple que substituí a l'anterior pre-romànic. En els segles XII i XIII s'amplia el temple. Durant tot aquest temps el monestir es va anar consolidant, en part gràcies a les visites periòdiques de la família reial. De mica en mica van anar augmentant el nombre de peregrins així com els territoris que controlava el priorat, arribant a aconseguir els dominis de tots els castells que envoltaven la muntanya.

Ja en el segle XIV es torna a ampliar el temple i es construeix un nou claustre.

També en aquest segle s'inicià un període força conflictiu, provocat per la dependència de Ripoll. En diverses ocasions s'intentà assolir la independència, que no s'aconseguí fins l'any 1408, concedida pel papa Benet  XIII. Aquesta situació no va durar gaire, ja que en 1493 el papa Alexandre VI, a petició de Ferran el Catòlic, el va posar sota la jurisdicció del San Benito el Real de Valladolid.

En 1560 es va començar a construir un nou temple en estil gòtic, que fou consagrat en 1592. També en el segle XVI es construí l'ala est del dormitori dels monjos i diverses ermites.

Durant la Guerra del Francés el monestir va ser fortificat i per aquest motiu va acabar dinamitat. Ben aviat es començà la seva reconstrucció, que la desamortització de 1835 va aturar parcialment, per la pèrdua d'ingressos per part del monestir. Nou anys més tard es va reobrir el temple i s'entronitzà solemnement a la imatge de la Verge. En monestir va ser reconstruït entre els segles XIX i XX sota la direcció de Josep Puig i Cadafalch. 

De l'edifici romànic només ens ha arribat la portalada del segle XII i la imatge de la Mare de Déu, la moreneta.  

Està formada per cinc arquivoltes en gradació, que estaven ricament decorades. L'erosió ha fet que s'hagin perdut la majoria d'imatges que hi havia esculpides.  En el centre hi trobem un timpà llis en el que hi havia una imatge de la Verge, col·locada posteriorment, i que es va retirar fa uns anys. 

L'arquivolta més interior està decorada amb un motiu helicoidal. En la primera dovella del costat dret encara es conserven algunes de les flors que també decoraven aquesta arquivolta. També s'ha conservat força bé la primera dovella de la tercera arquivolta, que tenia escenes historiades a cada dovella. En aquest cas podem veure dues figures aguantant una creu en la primera dovella i una mà en la segona. 

Les arquivoltes es recolzen en una imposta que es prolonga per tota la façana. A banda i banda de la portalada, sota la imposta, trobem uns plafons que estaven ricament esculpits amb motius vegetals, avui molt deteriorats. 

Sota la imposta també trobem dues parelles columnes on es recolzen la primera i la tercera arquivoltes. La segona i quarta, en canvi, es recolzen en muntants aixamfranats. Tant els capitells com els muntants estan decorats amb escenes historiades i animals fantàstics.  

Els del costat dret s'han conservat molt millor que no pas els del costat esquerre. En el més proper al timpà es pot veure a Adam i Eva al costat de l'arbre prohibit després d'haver menjat la poma. En l'altra cara del capitell Déu recrimina a Eva per haver comès aquest pecat.

En l'altre capitell es representen animals fantàstics, motiu que es repeteix també en els dos muntants, on trobem dos animals amb el cap comú i altres éssers fantàstics.

En el costat esquerre tornem a trobar animals fantàstics en el capitell més exterior i en els muntants, tot i que estan força malmesos.

En el muntant corresponent a la quarta arquivolta trobem més animals feréstecs, tot i que resulta difícil la seva interpretació.

A banda i banda de la portalada trobem dues figures, molt deteriorades, encastades a la paret. En la del costat dret sembla que es va representar un cavaller muntat a cavall, tot i que alguns estudiosos afirmen que es tracta de Samsó sobre un lleó. En el costat dret s'intueix la figura d'una bèstia salvatge que té entre les seves urpes a un home.