La llegenda diu que el monestir va ser fundat en el segle VIII per Sant Paulí, tot i que la tradició també li atorga aquesta fundació a Carlemany. Apareix documentat per primera vegada en una concessió de delmes que hi va fer el rei Alfons I, en 1175.

En el segle XII el governador de la Vall i els seus assessors van jurar respectar i guardar les llibertats i privilegis dels aranesos en aquesta església.

El cenobi va patir els efectes de la guerra entre Joan II i el comte de Pallars, en 1472, quedant pràcticament destruït. En 1506, el rei Ferran II el va restaurar i va ser novament ocupat per frares agustinians, en aquest cas procedents del monestir de Santa Maria de Gràcia de Lleida. Aquesta comunitat es va mantenir fins l'exclaustració de 1835, moment en que el convent va ser enderrocat.

Durant la Guerra Civil es va utilitzar l'església com a polvorí i va acabar essent volada. A finals del segle XX es van consolidar i restaurar les parets que encara es mantenien dempeus.

L'edifici que ens ha arribat va ser construït en el segle XII, si bé va patir nombroses reformes al llarg dels segles, especialment importants en el segle XV.

Tenia planta basilical de tres naus coronades amb tres absis semicirculars a l'est.

D'aquests només s'ha conservat el central, mentre que el del costat sud va ser transformat en una capella de planta quadrada, coberta amb volta apuntada.

L'absis sud resta pràcticament enrunat en la seva totalitat, tot i que encara es conserva la part baixa dels seus murs.

Per la part exterior encara podem veure les lesenes que originàriament decoraven els tres absis. 

L'absis central conserva a més un fragment d'un fris de dents de serra, sota del qual trobem un fris de dobles arcuacions cegues en gradació i sostingudes per petites mènsules. En la part interior de l'arc hi ha esculpit un rombe.

En l'absis s'obren tres finestres de mig punt i doble esqueixada.

En la veïna església de Sant Miquèu de Vielha es conserva la imatge del Crist de Mijaran. Fou traslladada en 1936 quan fou destruït el temple durant la Guerra Civil. Formava part d'un conjunt escultòric d'un Davallament, similar als que podem trobar a la Vall de Boí. Per les seves característiques es creu que també va ser obra del Mestre d'Erill. Només ens ha arribat una part d'aquesta magnífica talla policromada del segle XII. Es creu que arribava a fer més de dos metres d'alçada. Són molt interessants les traces dels cabells i la barba, amb trenes tallades en ziga-zaga i cargols.