Les primeres notícies del nucli de Caselles que ens han arribat daten dels anys 1162 i 1176. Del temple de Sant Joan no tenim cap notícia fins l'any 1312.  

Ens trobem davant d'un dels edificis més coneguts del romànic andorrà. Es creu que es va construir a finals del segle XII o principis del XIII. Com la resta d'edificis romànics de la vall té una sola nau, de planta rectangular i acabada en un absis semicircular, que es va construir posteriorment. En la part central de l'absis s'obre una petita finestra de mig punt i doble esqueixada, que sorprèn per les reduïdes dimensions si es compara amb el tambor absidal. 

El sostre de la nau és de fusta, que encara manté la policromia del teginat. La part alta dels murs laterals pren forma de volta de canó. Això ha fet que els estudiosos no s'acabin de posar d'acord sobre el per què de la presència d'aquests dos tipus de coberta. Mentre que algunes fonts apunten que la volta de pedra no es va acabar mai de construir, altres afirmen que es va esfondrar ben aviat i es va decidir fer una coberta molt més lleugera, com és la de fusta. Caldria fer més estudis que permetin confirmar o desmentir aquestes dues teories.

L'absis va ser tancat en època gòtica amb un bell retaule dedicat a Sant Joan. En ell es narren diferents escenes de la vida del sant. Una petita porta permetia accedir al seu interior i utilitzar-lo com a sagristia.

En la part inferior trobem cinc taules on es representa la Passió i mort de Crist. Malauradament aquestes peces foren robades i només se'n van poder recuperar quatre. La cinquena s'ha reproduït, per permetre la contemplació de tot el conjunt, però sense policromia.

Presidint el retaule trobem la imatge de Sant Joan.

El presbiteri queda separat de la nau gràcies a una reixa del segle XV.

Però sens dubte l'element més interessant de l'interior del temple és la imatge de Crist Crucificat que podem trobar en el mur nord. 

En 1963 es va enretirar el retaule gòtic de l'absis, per tal de restaurar-lo. Durant aquesta operació va aparèixer un cap esculpit al costat esquerre de l'altar. Aleshores es va procedir a excavar la zona, on van aparèixer nombrosos fragments d'un Crist Crucificat, fet amb estuc. 

En el mur nord hi havia una creu en baix relleu. Es va netejar i se'n van prendre les mides per fer-ne una rèplica en fusta, on es van anar col·locant els fragments que s'anaven recuperant. En veure que els fragments del cap i dels peus encaixaven perfectament, es va donar per bona la suposició de que el Crist estava ubicat en aquesta creu originàriament. Aleshores es va analitzar els voltants de la creu, on es van trobar sota una capa de calç, restes de pintures murals gòtiques. Aquestes eren de bastant poca qualitat i representaven motius florals. Sota elles s'entreveien unes altres imatges, aquestes d'origen romànic. 

En retirar les pintures gòtiques es van malmetre les romàniques, de les que es va perdre gran part de l'espai superior. Al voltant de la Creu trobem quatre espais. En els dos superiors es representava el Sol i la Lluna. Aquesta està totalment refeta, ja que es va perdre gairebé íntegrament. Més sort va tenir el Sol, tot i que també va patir danys irreparables.

En els espais inferiors es representen dos personatges. En el costat dret trobem al centurió Longinus amb una llança que apunta al costat de Crist. A l'esquerra el soldat Stephanon, que sosté l'esponja xopa de vinagre, que va fer servir per  donar de beure a Crist.

En l'interior també es conserva part del mobiliari de l'època com el banc que podem observar en la següent  imatge.

L'altre element interessant del temple és la seva torre de campanar. Es creu que va ser construïda exempta, separada del temple, però que posteriorment es va unir mitjançant un petit passadís. Això està argumentat per la diferència de materials i fàbrica utilitzats en tots tres elements.

La torre té planta quadrada i quatre pisos d'alçada. L'inferior té els murs més gruixuts per tal de suportar la volta de canó amb que està cobert. La resta de pisos estan dividits per terres i sostres de fusta.

En el segon pis s'obren tres finestres de mig punt en els murs est, oest i nord. La mateixa distribució es repeteix en el tercer pis, si bé en aquest cas ens trobem amb finestres geminades. Per últim en la quarta planta trobem tres finestres geminades en els murs est, oest i nord, mentre que en el mur sud trobem una finestra similar a les de la segona planta. Les finestres de les dues darreres plantes estan emmarcades per un fris d'arcs cecs i lesenes cantoneres, seguint l'estil llombard.

La torre està coronada amb una coberta piramidal a quatre aigües. 

La torre tenia un accés des de l'exterior en forma de porta d'arc de mig punt, ara cegada. L'accés és realitza actualment a través d'una petita porta en la part nord de la nau, prop del presbiteri. 

La porta d'accés del temple es troba en el mur nord, ja que no es va poder situar en el mur sud degut al penya-segat en que està ubicada l'església. Està formada per un senzill arc de mig punt adovellat. Encara conserva part de la ferramenta romànica.

En els segles XV i i XVI es van construir dos porxos, adossats als murs nord i oest. 

Als peus del porxo oest es va descobrir una necròpolis formada per una trentena de tombres. Estaven excavades en la roca i orientades a llevant, amb alguna que altra inclinació. Estan datades a finals del segle XI o principis del XII. Per evitar la seva destrucció i degut a que alguns habitants de la zona no estaven d'acord amb la vista de les tombes, es va decidir tornar-les a cobrir de terra.