No trobem cap notícia del temple fins l'any 1292, quan apareix en un document testamentari.

Algunes fonts afirmen que els seus orígens són pre-romànics, però en tractar-se d'una propietat privada i degut a que els seus murs estan totalment arrebossats, no es pot confirmar o desmentir aquesta teoria. L'advocació  a Sant Iscle i Santa Victòria era molt habitual en època visigòtica, fet que avalaria l'antiguitat del temple. Un altre argument és la irregularitat de la seva planta.

En 1226 trobem un document en que es fa referència a una església en la "Vila Vella" i a una altra "església nova". Segons Mossèn Vallicrosa l'església nova correspon a la parroquial de Santa Maria de Llerona, mentre que l'edificació més antiga es correspondria amb l'església de Sant Iscle i Santa Victòria. 

A la primitiva estructura se li va afegir un absis semicircular en el segle XI.

Malgrat les reformes posteriors, encara manté l'estructura romànica.