Les primeres notícies són de l'any 1322, quan trobem diverses donacions fetes a Santa Maria de Bastanist. Diversos indicis, com la seva ubicació junt a un camí, fan pensar que es tractava de la capella d'un hospital.

En 1704, tal i com consta en la llinda de la porta d'entrada, es va refer pràcticament per complert el temple, mantenint l'absis semicircular i part del mur nord.

Gairebé un segle més tard va patir diversos saquejos per part de les tropes franceses, fet que va provocar una nova reforma del temple.

L'absis ha patit nombroses modificacions. Malauradament no es visible ni des de l'exterior ni per la part interior. Un retaule l'oculta parcialment.

Fins l'any 1936, es venerava en aquest temple la imatge de la Mare de Déu de Bastanist. Un incendi en va destruir la imatge, així com l'interior del temple. Actualment podem veure en el seu lloc una rèplica bastant fidel. Estava datada al voltant de l'any 1150.